Per fare questo installate iColorFolder scaricandolo gratis da http://icolorfolder.sourceforge.net/?page_id=33 (la "i" non è a caso

La funzione si integra nel menù contestuale tasto destro percui da ora in avanti è possibile cliccare col destro su una cartella e cambiarle il colore

Il programma non esiste in italiano, ma le voci che escono sul menù contestuale ed i nomi dei colori sono facilmente rintracciabili nel registro di Windows con il comando "trova". Basta che ve le traducete in italiano e siete apposto.

Non è compatibile con Vista per ora.
Esiste anche un programmino che permette di aggiungere delle piccole iconcine alle cartelle, piccole come la freccetta predefinita per i collegamenti. Non mi sento però di consigliarvelo perchè l'ho provato su 3 differenti macchine e crea notevoli problemi di instabilità